A Copa do Brasil de 2025 conheceu todos os times classificados para a terceira, que irão se juntar a Botafogo, Bahia, Palmeiras, Corinthians, Internacional, Fortaleza e São Paulo (classificado para Libertadores via Brasileiro), Cruzeiro (9º colocado), Flamengo (campeão da Copa do Brasil), CRB (vice-campeão da Copa do Nordeste 2024), Paysandu (campeão da Copa Verde 2024) e Santos (campeão da Série B do Brasileiro 2024).
Os confrontos da terceira fase serão definidos através de sorteio. Os duelos devem ocorrer em 30 de abril e 21 de maio, em jogos de ida e volta. A divisão dos potes do sorteio da terceira da Copa do Brasil segue o Ranking Nacional de Clube (RNC) da Confederação Brasileira de Futebol (CBF). Dessa forma, os clubes melhores ranqueados são direcionados para o Pote 1, enquanto os demais seguem para o Pote 2.
Com isso, o Esporte Clube Bahia já conheceu os seus possíveis adversários na terceira fase. Único representante do futebol brasileiro nessa fase, Esquadrão está no Pote 1 e enfrentará um time do Pote 2. Jequié e Barcelona de Ilhéus foram eliminados na primeira fase, enquanto o Vitória caiu na segunda fase perdendo para o Náutico.
POTE 1
Flamengo;
São Paulo;
Palmeiras;
Corinthians;
Atlético-MG;
Fluminense;
Botafogo;
Fortaleza;
Grêmio;
Bahia;
Internacional;
Bragantino;
Vasco;
Santos;
Cruzeiro;
Athletico-PR.
POTE 2
Ceará;
Criciúma;
CRB;
Operário-PR;
Botafogo-PB;
Brusque;
Novorizontino;
Paysandu;
Náutico;
Aparecidense;
Retrô;
Maringá;
Maracanã;
Capital-DF;
CSA;
Vila Nova.
