Menos de duas semanas após acertar a compra de Marcos Felipe junto ao Esporte Clube Bahia, o Eyüpspor anunciou a venda do goleiro para o Çorum FK, clube recém-promovido à primeira divisão da Turquia. O jogador atuou por empréstimo no Eyüpspor, que exerceu a opção de compra, e agora assina contrato de dois anos com a nova equipe, tendo a possibilidade de renovação por mais uma temporada.
Marcos Felipe foi revelado nas divisões de base do Fluminense, onde disputou 104 jogos pelo time principal. Em 2023, foi contratado pelo Bahia e se firmou como titular na primeira temporada, disputando 63 jogos. Em agosto do mesmo ano, foi adquirido em definitivo junto ao clube carioca por R$ 2,7 milhões referente 70% dos direitos econômicos.
Em 2024, Marcos Felipe conviveu com as falhas e chegou a perder a posição para Danilo Fernandes e até mesmo Adriel, terminando a temporada como terceira opção. Foram 54 jogos disputados. Em 2025, o goleiro recuperou a titularidade, mas voltou a cometer falhas e sofrer com críticas da torcida, perdendo novamente o posto para Ronaldo. Fez 30 jogos antes de ser emprestado ao Eyupspor, da Turquia. Ao todo, pelo tricolor, foram 148 partidas, sendo campeão baiano de 2023 e 2025.
